Peminggiran parti-parti politik Islam

Selepas pembubaran Dewan Perlembagaan, Sukarno mengharamkan Masyumi pada tahun 1960 kerana pemimpinnya mempunyai hubungan dengan PRRI dan pembangkang yang kuat terhadap bentuk kerajaan baru. Perwakilan parti-parti Islam di parlimen jatuh kepada 25 peratus, manakala pengaruh Nahdlatul Ulama juga merosot, walaupun pendirian rasminya memihak kepada pelaksanaan demokrasi terpimpin.

Kebangkitan PKI

Dalam usaha untuk mengukuhkan kedudukannya dalam persaingannya dengan Nasution, Sukarno secara beransur-ansur menjadi lebih dekat dengan PKI dan Tentera Udara Indonesia. Pada bulan Mac 1960, Sukarno membubarkan badan perundangan selepas menolak belanjawannya. Pada bulan Jun, Dewan Perwakilan Rakyat Gotong Royong (DPR-GR), di mana angkatan tentera dan polis mempunyai perwakilan sebagai kumpulan berfungsi, dan Majlis Perundingan Rakyat Sementara (MPRS) telah dibentuk, dengan pengerusi PKI, D.N. Aidit, sebagai naib pengerusi. PKI dianggarkan mempunyai 17 hingga 25 peratus kerusi dalam DPR-GR, dan kini mempunyai perwakilan di semua institusi negeri kecuali kabinet. Walaupun tindakan terhadap PKI oleh komander tentera serantau, Sukarno berulang kali mempertahankannya. Sukarno juga mula menolak ideologinya yang menyatukan Nasionalisme, Agama, dan Komunisme, yang dikenali sebagai Nasakom. Nasakom ialah akronim kepada perkataan NASionalisme, Agama, dan KOMunisme. Ideologi Nasakom adalah percubaan Sukarno untuk mewujudkan satu bentuk sosialisme Indonesia yang akan menggabungkan idea-idea sosialis dan nasionalis dan menyesuaikannya dengan keadaan unik Indonesia sebagai sebuah negara yang terdiri daripada beribu-ribu pulau, banyak kumpulan etnik, dan pelbagai agama.

Walau bagaimanapun, kejayaan tentera mengalahkan pelbagai pemberontakan, termasuk PRRI dan gerakan Darul Islam di Jawa Barat, menjadikan Nasution masih mempunyai inisiatif. Pada tahun yang sama, PKI memulakan kempen "tindakan sebelah pihak" (bahasa Inggeris: unilateral action) untuk melaksanakan undang-undang pembaharuan tanah 1959–60, yang membawa kepada konflik ganas dengan penyokong NU. Oleh itu, pada bulan Disember 1960, Sukarno menubuhkan Komandan Operasi Tertinggi (KOTI), untuk memastikan kempen untuk membebaskan Irian Barat dari Belanda tidak akan dikawal oleh tentera. Operasi tempur sebenar akan diarahkan oleh Komando Mandala, yang diketuai oleh (calon presiden) Mejar Jeneral Suharto, yang merupakan komander pertama Kostrad. PKI, yang ingin menggunakan isu nasionalisme untuk mengukuhkan pakatannya dengan Sukarno, dengan sepenuh hati menyokong usaha ini. Pada bulan Jun 1962, Sukarno berjaya menggagalkan percubaan Nasution untuk dilantik sebagai komander angkatan tentera; sebaliknya, beliau menjadi ketua kakitangan tanpa peranan perintah ketenteraan langsung, walaupun beliau mengekalkan jawatan Menteri Pertahanan dan Keselamatan.

Menjelang tahun 1962, PKI mempunyai lebih daripada dua juta ahli, dan pada bulan Mac, Sukarno melantik dua tokoh utamanya, Aidit dan Njoto, menteri tanpa portfolio. Pada tahun yang sama, pertikaian Irian Barat telah diselesaikan selepas Belanda bersetuju untuk menyerah kalah kepada Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu. Irian Barat kemudiannya diilhakkan secara rasmi oleh Indonesia selepas kontroversi 'Pilihan Rakyat' pada tahun 1969.

Kebangkitan peranan politik angkatan tentera dan polis